In der Saisondernière beim FC Sion am Freitag, 21. Mai 2021, kassierte der FC Basel 1893 eine 0:4-Niederlage. Das Heimteam, das sich somit in der letzten Runde noch auf den Barrageplatz verbesserte, war Rotblau an diesem Abend in Kampf, Leidenschaft sowie Effizienz klar überlegen und verdiente sich diesen Sieg damit auch in dieser Höhe. Gaëtan Karlen sorgte für die frühe Sittener Führung und mit einem Doppelschlag nach rund einer halben Stunde erhöhten Baltazar und nochmals Karlen auf 3:0. Nach der Pause fing sich der FCB etwas, das einzige Tor im zweiten Durchgang erzielte mit Guillaume Hoarau aber auch ein Spieler des FC Sion.

Mit einer 2:6-Niederlage gegen den FC Winterthur aus der Brack.ch Challenge League am Mittwoch, 17. Februar 2021, verabschiedete sich der FC Basel 1893 in den Achtelfinals aus dem Schweizer Cup 2020/2021. Nach einer mässigen ersten Hälfte, in der dem FCB auch das Wettkampfglück fehlte, missriet Rotblau der zweite Durchgang vollends. Ein kleines Lebenszeichen sendete der FCB es erst in der Schlussphase durch die Treffer von Pajtim Kasami und Gonçalo Cardoso, davor hatten Samir Ramizi (2), Roman Buess, Roberto Alves und Gezim Pepsi für den FCW getroffen. Den Schlusspunkt zum 6:2 setzte mit Anas Mahamid dann wieder ein Winterthurer.