Der FC Basel 1893 verlor seine Auswärtspartie beim FC St. Gallen 1879 am Samstag, 27. Februar 2021, mit 1:3 (0:1). Das Heimteam ging nach rund einer halben Stunde durch Lukas Görtler in Führung. Nach dem Seitenwechsel hatte der FCB seine beste Phase, wurde dabei aber zu wenig gefährlich. Nach den Toren von Kwadwo Duah (70.) und Jordi Quintilla (76.) war die Partie dann endgültig entschieden. In der Nachspielzeit konnte Arthur Cabral noch auf 1:3 verkürzen.

Der FC Basel 1893 verlor das Viertelfinalspiel der UEFA Europa League gegen den FC Shakhtar Donetsk am Dienstag, 11. August 2020, in Gelsenkirchen mit 1:4 (0:2). Die Ukrainer gingen gleich mit ihrer ersten Aktion durch Júnior Moraes in Führung und erhöhten nach rund 20 Minuten durch Taison auf 2:0. Trotz einer klaren Steigerung nach dem Seitenwechsel konnte der FCB keine Wende herbeiführen und musste eine Viertelstunde vor dem Ende das 0:3 durch Alan Patrick per Foulpenalty hinnehmen. In der Schlussphase erhöhte Dodô auf 4:0 und Ricky van Wolfswinkel erzielte noch den Basler Ehrentreffer. Auch wenn Rotblau gegen Shakhtar einer Überraschung nicht nahe stand, kann man mit der Kampagne in dieser Europa League mehr als zufrieden sein.

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Mit einem 4:0-Sieg gegen den FC Zürich sicherte sich der FC Basel 1893 am Samstag, 15. Mai 2021, die Teilnahme an der UEFA Conference League. Nach einer Notbremse Nathans in der 4. Minute agierten die Zürcher fast die gesamte Spielzeit in Unterzahl. Der FCB nutzte diese numerische Überlegenheit zu einem druckvollen Spiel, in dem er dem Gegner über die gesamte Partie überlegen war. Die Tore erzielten Raoul Petretta und Edon Zhegrova in der ersten Halbzeit sowie Pajtim Kasami und nochmals Petretta im zweiten Durchgang. Neben der wichtigen Europacup-Qualifikation konnte sich Rotblau auch für die drei Niederlagen in dieser Saison gegen den FCZ revanchieren.