Rund zweieinhalb Wochen nach dem Abschluss der vergangenen Saison beginnt für den FC Basel 1893 mit dem Spiel in der 2. Qualifikationsrunde der UEFA Europa League gegen den NK Osijek am Donnerstag, 17. September 2020, bereits die neue Spielzeit. Gleich im ersten Spiel geht es dabei um alles oder nichts im Europacup.

Der FC Basel 1893 verlor bei der Wiederaufnahme der Meisterschaft am Samstag, 23. Januar 2021, zuhause gegen den FC Zürich mit 1:3. Nach einer torlosen ersten Hälfte fiel die Führung für die Gäste durch ein Eigentor Eray Cömerts, der einen Kopfball Blaz Kramers unglücklich mit dem Knie ablenkte, kurz darauf erhöhte Lasse Sobiech per Kopf auf 2:0 für die Gäste. Der FCB konnte zwar durch eine spektakuläre Direktabnahme Arthur Cabrals verkürzen, doch durch ein weiteres Eigentor durch Fabian Frei zehn Minuten vor dem Ende fiel die Entscheidung zugunsten der Gäste. In der Nachspielzeit erhöhte Antonio Marchesano per Foulpenalty noch auf 4:1 für die Gäste.

Im 95. Final des Helvetia Schweizer Cup unterlag der FC Basel 1893 am Sonntag, 30. August 2020, den BSC Young Boys mit 1:2. Das Tor für den FCB im ersten Durchgang erzielte Omar Alderete per Kopf nach einem Eckball von Fabian Frei. Nach der Pause gelang YB durch Jean-Pierre Nsame der Ausgleich. In der Schlussphase drückten die Berner auf die Führung und waren mit Marvin Spielmann in der 89. Minute erfolgreich.