Am Montag, 31. August 2020, wurde in Nyon die zweite Qualifikationsrunde zur UEFA Europa League 2020/2021 ausgelost. Aufgrund der COVID-19-Situation werden in dieser Saison alle Qualifikationsspiele als Einzelspiele hinter verschlossenen Türen ausgetragen. Der FC Basel 1893 trifft am 17. September 2020 auswärts auf den NK Osijek (KRO).

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Mit einem 4:0-Sieg gegen den FC Zürich sicherte sich der FC Basel 1893 am Samstag, 15. Mai 2021, die Teilnahme an der UEFA Conference League. Nach einer Notbremse Nathans in der 4. Minute agierten die Zürcher fast die gesamte Spielzeit in Unterzahl. Der FCB nutzte diese numerische Überlegenheit zu einem druckvollen Spiel, in dem er dem Gegner über die gesamte Partie überlegen war. Die Tore erzielten Raoul Petretta und Edon Zhegrova in der ersten Halbzeit sowie Pajtim Kasami und nochmals Petretta im zweiten Durchgang. Neben der wichtigen Europacup-Qualifikation konnte sich Rotblau auch für die drei Niederlagen in dieser Saison gegen den FCZ revanchieren.