Der FC Basel 1893 verlor das Viertelfinalspiel der UEFA Europa League gegen den FC Shakhtar Donetsk am Dienstag, 11. August 2020, in Gelsenkirchen mit 1:4 (0:2). Die Ukrainer gingen gleich mit ihrer ersten Aktion durch Júnior Moraes in Führung und erhöhten nach rund 20 Minuten durch Taison auf 2:0. Trotz einer klaren Steigerung nach dem Seitenwechsel konnte der FCB keine Wende herbeiführen und musste eine Viertelstunde vor dem Ende das 0:3 durch Alan Patrick per Foulpenalty hinnehmen. In der Schlussphase erhöhte Dodô auf 4:0 und Ricky van Wolfswinkel erzielte noch den Basler Ehrentreffer. Auch wenn Rotblau gegen Shakhtar einer Überraschung nicht nahe stand, kann man mit der Kampagne in dieser Europa League mehr als zufrieden sein.

Am Mittwoch, 16. Juni 2021, wurde in Nyon die zweite Qualifikationsrunden der UEFA Conference League ausgelost. Der FC Basel 1893 trifft zum Auftakt in diesen Wettbewerb auf den Sieger der Begegnung FC Sfintul Gheorghe (Moldawien) – FK Partizani (Albanien).

Der FC Basel 1893 gewann in der 3. Qualifikationsrunde der UEFA Europa League gegen den Anorthosis Famagusta FC am Donnerstag, 24. September 2020, mit 3:2 (3:1). Nach einem furiosen Start führte der FCB nach Treffern von Silvan Widmer und Samuele Campo sowie einem Eigentor Hovhannes Hambartsumyan bereits nach 21 Minuten mit 3:0. Die Zyprer konnten aber noch vor der Pause durch Brank Vrgoc auf 1:3 verkürzen. Nach der Hälfte präsentierte sich der FCB nicht mehr so gefährlich und kassierte nach einer guten Stunde durch einen Elfmeter Giorgi Kvilitaias den Anschlusstreffer. Der FCB brachte dieses 3:2 dann aber relativ souverän über die Zeit und steht damit in den UEL-Play-offs, wo er am kommenden Donnerstag CSKA Sofia empfängt.